Einige Bakterien bilden Kapseln, die die äußerste Schicht der Bakterienzelle darstellen und sie mit einer relativ dicken Schicht aus viskosem Gel umgeben. Kapseln können bis zu 10 µm dick sein. Einigen Organismen fehlt eine gut definierte Kapsel, aber sie haben lose, amorphe Schleimschichten außerhalb der Zellwand oder Zellhülle. Der α-hämolytische Streptococcus mutans, der primäre Organismus, der in Zahnplaque gefunden wird, ist in der Lage, ein großes extrazelluläres mukoides Glucan aus Saccharose zu synthetisieren.
Nicht alle Bakterienarten produzieren Kapseln; Die Kapseln eingekapselter Pathogene sind jedoch häufig wichtige Determinanten der Virulenz. Verkapselte Arten finden sich sowohl bei grampositiven als auch bei gramnegativen Bakterien. In beiden Gruppen bestehen die meisten Kapseln aus viskosen Polysacchariden mit hohem Molekulargewicht, die als dickes Gel außerhalb der Zellwand oder -hülle zurückgehalten werden.
Die Kapsel von Bacillus anthracis (dem Erreger von Anthrax) ist insofern ungewöhnlich, als sie aus einem γ-Glutamyl-Polypeptid besteht. Eine Plasmamembranstufe ist an der Biosynthese und Assemblierung der Figur Kapseln Bewertung Substanzen beteiligt, die durch die Außenwand- oder Hüllenstrukturen extrudiert oder sezerniert werden. Der Mutationsverlust von Enzymen, die an der Biosynthese der Kapselpolysaccharide beteiligt sind, kann zu der bei den Pneumokokken beobachteten Variation von glatt zu rau führen.
Die Kapsel ist für die Lebensfähigkeit nicht wesentlich. Die Lebensfähigkeit wird nicht beeinträchtigt, wenn Kapselpolysaccharide enzymatisch von der Zelloberfläche entfernt werden. Die genauen Funktionen von Kapseln sind nicht vollständig verstanden, aber sie verleihen Resistenz gegen Phagozytose und bieten daher der Bakterienzelle einen Schutz gegen die Abwehr des Wirts gegen eine Invasion. Auch hier spielen sie eine wichtige Rolle bei der Zellteilung.